当溃疡趋向愈合时，眼痛减轻，刺激症状改善，粘性分泌物消失，溃疡色泽由黄白转变为灰白色，溃疡表面清洁，周围上皮向内生长，荧光素着色范围缩小。前房积脓和丁道尔现象以及角膜后沉着物减少。溃疡愈合后，角膜基质仍有浸润及水肿，常需历时数月才能吸收。

　　溃疡愈合过程中可有新生血管伸入。细长单枝者少见，密集粗短的每见于菌丝灶周围，颇似角膜变小，角膜缘内移。

　　严重的虹膜睫状炎反应，是真菌性角膜溃疡特征之一。约50%病例可有前房积脓，自1毫米或2～3毫米，少数病例积脓可达前房一半以上，甚至充满整个前房。积肥脓呈乳白或淡黄色，前者为溃疡早期现象，而后者常代表炎症发展至严重阶段。脓液粘稠，不易移动。溃疡、脓疡以及前房积脓三者时在形态上融为一体，易于混淆，需裂隙灯切面检查，才能区别。

　　角膜后沉淀物有两种类型，一种是棕灰色的粉末状或细颗粒状，每见于溃疡早期，面积较小的病例，前房大多无脓或少量积脓。另一类是淡黄色浆糊样片状，或者是灰白色斑块状，附着于粗糙的角膜内皮面上，通常伴有前房积脓。前房积脓如果未能吸收，最后在前房角、虹膜、晶体表面形成机化膜。

　　真菌性角膜溃疡已经愈合，上皮生长，